在决赛篇Ⅰ“激流”至决赛篇Ⅳ“搭档”中，小智与丹帝进行一场6对6全面对战的总决赛。因在对战之前丹帝提出可以使用所有战斗系统的建议获得了宝可梦世界锦标赛委员会的破例允许，小智得以将极巨化、超级进化、Z招式全部使用，全力以赴应对丹帝的宝可梦。在对战中，小智和他的宝可梦拼尽全力，将丹帝拖入了拉锯战，其中更是让快龙使出之前和真司特训时自创的快龙流星群打败了丹帝的多龙巴鲁托。不过在丹帝的绝对实力面前，小智还是陷入了苦战。在轰擂金刚猩接连打败了已经被消耗的快龙和葱游兵后，场上局势再次对丹帝有利。随着鳃鱼龙终结了轰擂金刚猩后被闪焰王牌轻松打倒，小智仅剩一只皮卡丘来面对丹帝的超极巨化喷火龙以及闪焰王牌。紧接着，面对丹帝的超极巨化喷火龙，小智让皮卡丘使出千万伏特迎战喷火龙的超极巨深渊灭焰。正当皮卡丘和喷火龙激战正酣之时，由于千万伏特和超极巨深渊灭焰碰撞产生过大的能量，因此感应到这股能量的无极汰那突然出现在宫门竞技场上空，其在平和了比赛现场的能量后，双方的极巨腕带再次发光，各自额外获得一次极巨化的机会，于是小智和丹帝分别让皮卡丘和闪焰王牌进行超极巨化。在超极巨化对决中，皮卡丘战胜了闪焰王牌，双方战至5比5平。在最后的王牌对决里，皮卡丘与喷火龙再次激烈对抗。就在皮卡丘受到喷火龙攻击后将要倒下时，它回忆起了这一路走来与伙伴们的邂逅，在小智的鼓励下再次顽强地站了起来。在最后的十万伏特与大字爆炎碰撞后，皮卡丘击倒了喷火龙。至此，小智以6比5战胜丹帝，成为了宝可梦世界锦标赛新的冠军，同时终结了丹帝的不败神话。冠军颁奖典礼上，小智从丹帝手中接过冠军奖杯，和他在大师锦标赛上的6只并肩作战的宝可梦一起合影，以及接受全场祝贺的掌声。本届宝可梦世锦赛也就此落下帷幕。
在宝可梦！很高兴终于遇到你啦！至小智与小豪！踏上新的旅途!!中，小智和小豪、小春来到以前小春和樱木所长一起来的森林里露营，但是由于误解，小智和小豪之间的友情遇到了一些问题。在小春的开导下，小智最后和小豪解除了误会。洛奇亚出现后，小智和小豪向洛奇亚发出了团体战，小智的皮卡丘、路卡利欧，以及小豪的敲音猴、闪焰王牌和千面避役，一起挑战洛奇亚。尽管大家配合默契，无奈洛奇亚实力太过强大，之后小豪试图收服洛奇亚，但是没能成功，大家反而差点被洛奇亚的气旋攻击吹下悬崖，最后被洛奇亚所救，战斗中断。不久后，小智卸任樱木研究所特别调查员身份，和小豪、小春道别，之后和皮卡丘一起踏上了新的旅程，期间与巴大蝶重逢，以及派出路卡利欧和路人训练家的拉普拉斯对战。
之后从启程之风！无尽的道路!!至小智与拉帝欧斯！，小智和皮卡丘在旅途中又经历了不少事情：在森林中救下受伤的拉帝亚斯；和以前的伙伴小霞重逢、争夺铁臂枪虾；和天桐一起将小刚从布莉姆温施放的幻象中解救出来并化解了误会；和杰尼龟消防队一起扑灭了仓库街的大火，救出被困的宝可梦；和拉普拉斯等宝可梦一起救出被卡在洞穴中的吼吼鲸；帮助诅咒娃娃找回它曾经的训练家；挫败火箭队三人组全员集结捕捉皮卡丘的计划；帮助拉帝亚斯救出拉帝欧斯，打败宝可梦猎人。
在彩虹和宝可梦大师！中，回到真新镇的小智在帮助大木博士寻找走失的小火龙时和小茂重逢，面对小茂所问的“成为冠军之后距离宝可梦大师还有多远”这一问题，小智陷入了思考。和皮卡丘一起躲雨时，小智找到了自己的答案。“成为冠军并非终点，我依然还是一个挑战者；我想和全世界的宝可梦成为朋友，那一定就是所谓的宝可梦大师”，对于何为真正的宝可梦大师，小智给出了这样的回答。雨过天晴，小智看着眼前的彩虹，露出了笑容，坚定了心中的信念，和皮卡丘约定即使成为宝可梦大师也要一直在一起。之后，小智换上了花子给的新鞋子，和皮卡丘一起，朝着成为心中向往的宝可梦大师的目标，再次踏上无止尽的旅途。
至此，以小智和皮卡丘为主角的冒险故事正式告一段落，但他们的冒险仍将继续下去。
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